シグマ ハーモニクス

　時紡ぎ

黒上の館の大時計の間にある大時計を調音査状態でタッチすると時紡ぎが発動し、式札に表示された移動可能な時間を選択し、その時間へとジャンプします。

　時の再演

フィールドには魂の影と呼ばれるものが存在し、その影を調音査でタッチすると、その場所で起きた出来事がイベントとして始まります。これによってその場所の過去を見ることができます。時間によって魂の影の位置は変わり、それによって別の過去の記憶を見ることができるので、より過去のことを知るにはさまざまな時間で訪れる必要があるでしょう。

　刻音

刻音とは、入手した情報や過去の記憶を収録した、一種のアイテムです。ゲームを進めていくと様々な情報を入手することになりますが、それをいちいち覚えておくのは難しいものです。その情報1つずつがそれぞれ刻音としてまとめられていれば、何個の情報（刻音）を得たか、等を判断する事ができます。

　超推理

一定の刻音を集めて推理が可能と判断したら、いつでも超推理を行うことができます。
超推理によって解決度を高めることができれば、以降に遭遇する大逢魔の力を弱めることができます。

　戦闘

実際に戦うのはネオン一人で、プレイヤーはそのネオンに指示を出していきます。
画面右側の式札は、一定のゲージが溜まるとピンク色に変化し、使用可能になります。
技の式札を使って攻撃を行う場合、画面左下のレーダーを確認して敵の居場所を把握し、その方向へ攻撃指示を出します。
また式札は曲としての使用も可能であり、これによりBGMが変化し、式札のイコライザへの影響も変わってきます。
神の項目をタッチすると、式札に割り当てられている神を選択する神降ろしを行うことができます。

HPが0になると、大時計へと戻されます。